“中欧班列”快速发展的同时，也存在不少亟待解决的问题。如各条线路运营情况参差不齐，回程货较少和线路重复等等。

　　1、各自为政，无序竞争

　　从资源配置视角看，内陆多个城市纷纷开行“ X新欧”，导致争抢货源，运力浪费。一些内陆城市为争夺中欧铁路通道起点，对内不计成本，由政府大量补贴运费抢货源；对外概不议价，任由沿线国家抬高运价，价差都由当地政府下属的企业补贴消化。这种分散货源、多口对外的无序竞争，导致铁路资源的浪费。以中部省份为例，现在开通的有合肥、西安、武汉、重庆、成都、郑州和长沙等城市，规划中的还有太原和南昌两地，因为货源地几乎一致，而且这些城市距离太近，揽货时争夺客户在所难免，因此竞争十分激烈。目前，中欧班列每标箱运输成本不低于6000美元，有的班列为争抢货源只收取成本一半的运费。低价竞争使大部分班列处于亏损运营状态。

　　实际上，国家发改委和铁路总公司也意识到了这个问题，从2016年开始采取了相关措施。2016年6月8日起，中国铁路正式启用“中欧班列”统一品牌，从重庆、成都、武汉、长沙、苏州、东莞、义乌等地始发的“渝新欧”、“蓉欧”“郑欧”等班列都统一名称。此次国家发改委出台的《规划》中也提出，要发扬和平合作、开放包容、互学互鉴、互利共赢的丝绸之路精神，密切与沿线国家合作，寻找利益契合点和合作最大公约数，充分发挥各方优势与潜能，努力实现互利共赢。

　　2、线路重复问题严重，沿途基础设施落后

　　商务部在2016年对郑欧班列运营情况进行了专题调研后的一份报告显示，目前中欧班列主要存在线路重复现象严重和沿途国家配套基础设施落后等情况。目前，国内各地开往欧洲主要区域或同一目的地的班列线路重复，既造成往返空载率居高不下，资源浪费，提高物流成本，也导致对外谈判铁路运价难度增加，不利于行业健康发展，影响我国国际形象。另外，沿途国家配套基础设施落后。目前，中欧班列途径中亚、俄罗斯、东中欧、蒙古等国家，其中不少国家基础设施建设滞后，信息化程度低，多式联运和分拨都存在很多困难，货物仓储、转运很不顺畅，在一定程度上影响到班列成本的降低。

　　3、通关手续繁琐

　　中欧班列由于经过国家较多，通关需要多国协调，浪费在检疫和通关等方面的时间不同程度存在。并且任何通过地区的政治不稳定都会导致班列的通行受阻。

　　4、轨距不统一，频繁换装

　　中欧班列沿途的各个国家的轨距标准不一致，中欧班列在驶向欧洲的时候至少需要换轨两次，降低了通行效率。在中哈边境、白俄罗斯和波兰边境的换轨操作，影响中欧班列的运行速度，但很难做到沿线国家统一标准。

　　5、回程货源不足，返空箱現象严重

　　一直以来，从欧洲回程班列，很多是“空手而归”，这使得多条班列面临着“盈利难”的问题。由于没有返程货物，很多运出去的集装箱在卸货后无法运回，不得不在国外直接卖掉。