中国古代就有“司令”之官。但和现在的司令风马牛不相及，不是军队的高级指挥官，而多为掌管宫廷某项事务的一种职官。

隋朝设有司令一职，为内官。据《北史·后妃传序》载：“司令三人，掌图籍法式，纠察宣奏。”金朝时司令为典卫司、宫苑司、惠民司等机构的长官，主管本局、司事务，品秩为从六品至正七品。其中，典卫司负责后宫护卫导从之事，相当于保卫处；宫苑司掌管宫苑修缮、洒扫、启闭门户和铺设毡席等事，大致相当于现在的房产科、营房处之类的；惠民司掌管配制发卖汤药，以施惠于民。

说白了，这时的司令就是司局长，是个不大不小的官，官阶不高，和县长差不多。元朝时御香局、掌薪司、供膳司、广谊司、上都惠民司及各营缮司皆设司令，秩正六品至正七品，掌管本局、司事务。另外盐场每场设司令一员，从七品。

中国近代司令称谓应来源于日本。日本是亚洲最早设司令官和总司令官职位的国家。如日本陆军在1894年甲午战争时编设第一军和第二军，司令官分别为山县有朋大将（后期野津道贯大将）和大山岩大将。1904年日俄战争期间编组满洲军，设置总司令官，大山岩大将为总司令官。

1911年10月10日武昌首义，建立湖北军政府。10月12日，湖北军政府设置各机构和职官，其中有警卫司令部司令一职，是中国近代最早的司令。其后，各省踵起响应，纷纷宣告独立，建立军政府。由于各省起义骨干多由留学日本的士官生担任，而起义的主要武力又多由各省新军组成，受日本军队和新军的影响，民军的编制中设置了司令部或总司令部（此前新军曾在军、镇两级设置专司指挥的业务机关“司令处”）。1911年10月22日，陕西新军起义。24日，建立秦陇复汉军总司令部。这是中国近代第一个总司令部，但主官不称总司令，而是大统领。1911年10月30日，湖北军政府设立战时总司令部，黄兴任总司令。其后各地军政府称司令和总司令者甚多，如山西都督府东路军总司令、南路军司令、前敌司令，江苏都督府江浙沪联军总司令、浙军支队司令、沪军司令，等等。

1912年1月南京临时政府成立后，军事职官有司令或司令官，如国民军司令官、东区卫戍司令官等。但这一时期军事职官称谓比较混乱，与司令、总司令相当的职务也有称都督、统领、总统、总指挥等的。

国民党军的司令也称司令官、司令长官，如兵团司令官、舰队司令官、战区司令长官。有些人不了解这些，把国民党军的司令称为司令员，如某电视连续剧中，就称国民党某兵团司令为司令员。笔者曾见到一篇译文，说印度军队召集司令员开会，显然翻译者也是不了解司令的称谓，以为外军都叫司令员。

“百度百科”说其它国家军队没有司令员的叫法，也是不对的，“司令员”一词是苏联红军首创，只不过有时翻译未用全称，如“方面军司令员”和“方面军司令”是一回事。

苏联著名元帅科涅夫的战争回忆录书名为《方面军司令员笔记》。我军司令员称谓就是受苏联红军影响的。

在我军，司令和司令员没什么区别，不过司令员是1930年代以后的正式称谓。中国工农红军初创时期，各种职务基本沿用原国民革命军的称谓。

我军最早的司令出现在1927年10月底，当时朱德、陈毅等率领南昌起义军第三、第二十五师各一部共800余人，转移到江西省大庚(今大余)县境，将部队改编为国民革命军第五纵队，朱德任司令，陈毅任党代表。此后，红军中纵队的军事主官有称司令或司令官的，也有称纵队长的。如红五军第五纵队司令官王佐、第六纵队司令官贺国中。

30年代初，刘伯承从苏联回国，组织左权、叶剑英等人一起翻译带回的各种苏联红军条令，同时为中国工农红军确定内部的称呼。为了摒弃旧军队中等级森严和对勤务人员的歧视，他确定红军中的“司令”后面要加一个“员”，将旧称呼“卫兵”改称“警卫员”、“勤务兵”改称“公务员”、“传令兵”改称“通信员”、“伙夫”改称“炊事员”……体现了革命军队人人平等，都是革命军队的普通一“员”，只是分工不同。

此后，大体上从1932年以后，红军的各级司令都称“司令员”，如瑞金卫戍区（1932年6月组成）司令员、建黎泰警备司令部（1932年12月组成）司令员、西北战区指挥部（1933年2月组成）司令员等。红军的军区、军分区军事主官先称总指挥、指挥，后改称司令员，如江西军区总指挥，1933年6月改称司令员。

司令员是我军编制中的正式称谓，但在有些场合也简称“司令”，把“员”省略了，也不会产生歧义。如1933年6月15日中央革命军事委员会颁布的《中国工农红军暂行编制表》，规定方面军指挥机关设司令员、政治委员、参谋长等职务，但在注明中又有“司令政委参谋长”，司令员、政治委员简称司令、政委。

中央红军长征时组建的第一野战纵队、第二野战纵队、军委纵队及下属的梯队都设司令员。1935年9月，由红一方面军改编的陕甘支队和下辖的3个纵队也都设司令员。

1937年全面抗战爆发后，中国工农红军先后改编为八路军、新四军。八路军改编之初以下各级不设司令，新四军的四个支队都有司令员。以后，随着八路军、新四军挺进敌后，队伍不断扩大，建立了若干军区、分区，都设司令员，如太行军区司令员、吕梁军区司令员、晋察冀军区一分区司令员。同时，成立了许多纵队、支队，如八路军第一纵队、太岳纵队、东进纵队、津浦支队、黄河支队、大青山支队等，一般也设司令员。这些纵队、支队名目繁多，大小不一，少则几百人，多则几千上万人。1942年5月6日，八路军一二〇师给军委及八路军总部的《关于军衔等级问题的报告》中就提到，“我军现实在发展的过程中，有时扩大，有时缩小，部队的流动性和干部的流动性很大，猛烈扩大时司令遍天下，主任赛牛毛……”

解放战争时期，人民解放军主力部队纵队以上均设司令员，即纵队、兵团、野战军三级司令员。另外，军区、军分区也设司令员。1948年11月，全军统一编制，纵队司令员改称军长。

新中国成立后，我军军兵种、大军区（战区）、省军区、军分区、卫戍区、警备区、守备区、要塞区、海军舰队、军区（战区）空军和各基地等的军事主官称作司令员。编制级别从正师到正大军区（战区），编制军衔为大校、少将、中将、上将。

中国人民武装警察部队军事主官也称司令员。2012年10月28日各省武警总队总队长统一改称为司令员，如武警山东省总队司令员。

司令的最高级别就是总司令了。有文章说总司令是指一个国家军队的最高军事指挥官，其实不然。

许多国家军队中的总司令不止一个，特别是一些军事大国，总司令不仅是指一个国家军队的最高军事指挥官，总部、战区、军种、战役军团都可能有总司令。如苏联解体前苏军就曾有7个总司令的职位：五大军种和华约部队、驻德集群。中国自辛亥革命以来，称总司令的更是不计其数。如抗战期间和抗战结束后国民党军队就有各军种总司令、各集团军总司令（1946年以前）、各“剿总”总司令、各警备总司令、卫戍总司令（重庆、南京）、联合勤务总司令等。可见，总司令通常不是指一个国家军队的最高军事指挥官，而总司令和总指挥也没有什么区别。

我军最早的总司令，产生于1930年。这一年的8月23日，红一军团与红三军团在湖南浏阳会师组成红一方面军，朱德任总司令，毛泽东任总政治委员。这是我军第一个总司令职务。仅过了5天，8月28日，中共中央任命朱德为中国工农红军总司令兼红一方面军总司令。此后，“朱总司令”就一直是全军的总司令。1932年红军中的司令改称司令员后，总司令不称总司令员。

1937年“七七事变”事变爆发后，全面抗战开始。根据国共两党达成的协议，8月25日，中国工农红军主力改编为国民革命军第八路军，朱德任总指挥，彭德怀任副总指挥。9月11日，又按照全国统一序列，八路军改称第十八集团军，八路军总指挥部改为第十八集团军总司令部，朱德、彭德怀改任总司令、副总司令。由于红军改编为八路军后，八路军的名称已经深入人心，因此仍沿用八路军名称。在正式文电中，有时用十八集团军，有时用八路军。按说八路军应称“总指挥”，十八集团军才称“总司令”，但习惯上称朱德为“八路军总司令”。

解放战争中后期，朱德为中国人民解放军总司令。此外，1946年1月至1947年11月，东北民主联军也设有总司令，林彪任总司令。1954年9月，我国对国防领导体制进行调整，撤销中国人民解放军总司令一职。

秦基伟上将在回忆录中提到：“我在北京军区当司令员期间，又专程到太行山去了一趟，我的老房东听别人喊我秦司令，感到很不理解，拉着我的手问：‘怎么还当司令呢？那时候就当司令啦，把日本鬼子打败了，把蒋介石打跑了，几十年也没进步一下？’我开玩笑说：我是个落后司令嘛。”

纯朴的老房东哪里知道，此司令非彼司令也！都是司令，级别差着大呢。秦基伟当年住在这里时，是一二九师游击支队司令员，赖际发任政治委员，游击支队对外也称“秦赖支队”。秦赖支队组建之初只有500多人，也就是个营的规模。以后发展到5000多人，够一个旅的架子。

以后秦基伟当过近40年的各种司令员：太行军区第一分区司令员、太行军区司令、晋冀鲁豫军区第九纵队司令员、云南军区副司令员、昆明军区司令员、成都军区司令员、北京军区司令员等。而他当北京军区司令员时麾下曾有6个集团军！和当年的秦赖支队根本不能同日而语。