9月30日，农业部召开司局以上党员干部大会，传达学习《中共中央关于孙政才严重违纪案审查情况和处理决定的通报》。农业部党组表态，要认清孙政才违法违纪问题的严重性、危害性；各司局各单位要进行全面清理排查，坚决肃清孙政才在农业部的恶劣影响。这是继中共中央撤职长期任职跨国转基因杜邦公司顾问李家洋副部长之后，又一起有关原农业部部长孙政才为孟山都公司转基因鸣锣开道的重大案件。

农业部应该把孙政才与孟山都总裁格兰特就转基因达成的“共识”作为排查揭发的重点问题。

事件的经过如下：

1、2008年9月23日，农业部副部长牛盾接见了来访的美国孟山都全球执行副总裁伯格曼先生一行。牛盾表示有意加强转基因生物技术方面的合作，希望孟山都公司能提供相关的数据和科研报告，并愿意派中国农业代表团到孟山都的实验室和生产区域考察。伯格曼表示，欢迎中国代表团考察孟山都公司，愿意用孟山都公司先进的技术为中国农业发展作出贡献。（每日经济新闻）牛盾在农业部与孟山都公司之间“穿针引线”。

2、2009年8月，农业部公示42个农作物品种，但其中三个转基因品种——华恢1号、Bt汕优63水稻品种和植酸酶玉米品种被“暂缓公布”。2009年9月，农业部部长孙政才访问美国，在随行科技司长月白金明的安排下，孙政才被接到孟山都总部与格兰特总裁会面。

3、2009年10月20日下午，牛盾副部长再次会见来访的孟山都公司伯格曼副总裁：“要积极落实孙政才部长访美时与格兰特总裁会面时取得的共识”。双方就加强生物技术合作事宜深入交换了意见。

4、就在11月30日前后，孙政才调任吉林省委书记、韩长赋接任农业部长之际，倍受争议的3个转基因水稻和玉米品种，12月1日“悄悄”地补充登录在农业部公布的农业生物安全证书批准清单上。

5、路透社11月27日发布消息称，在中国公众未知之前，中国农业部生物安全委员会的负责审批的两位成员告诉路透社记者，该委员会已为抗虫转基因水稻等发放了安全证书。11月29日召开的中国作物学会2009年学术年会宣布了这个消息。孟山都老板高调评价是“里程碑式事件”！

6、农业部陈晓华副部长答记者问。[时代周报记者问]2009年的时候，农业部副部长会见孟山都副总裁时候说过，他们要落实农业部长和总裁达成的“共识”，我特别想知道达成的“共识”是什么？[陈晓华]罔顾左右而言他，答非所问，故意回避。

农业部已经就中共中央《通报》表态。但要观察，农业部是认真揭露还是掩盖孙政才与孟山都格兰特总裁达成的“共识”？是真排查还是假排查孙政才与格兰特“勾肩搭背”的隐情？这是严峻考验以韩长赋为首的农业部——是中华人民共和国的农业部、还是孟山都转基因公司的农业部？